Entête

3. Conclusion

Les résultats obtenus au cours de ces travaux de recherche permettent de confirmer la présence de Pseudomonas producteurs d’antibiotiques dans les rhizosphères de conifères. En ce sens, ces résultats sont intéressants car, à ce jour, la somme considérable de recherches vouée à l’étude de ces bactéries était limitée au monde agricole et toutes les souches étudiées provenaient de ces milieux. Cela amène donc une nouvelle facette à l’étude de ces bactéries. De plus, l’isolation de souches à partir de semis prélevés en forêt naturelle est un aspect important car ces souches seraient les premières à être isolées dans un tel milieu. En effet, une telle approche est impossible dans le domaine agricole car il n’existe pas de peuplement naturel de blé ou de maïs par exemple. La comparaison entre les pépinières forestières, qui ressemblent beaucoup aux milieux agricoles, et une forêt naturelle, a également permis de voir que la diversité fonctionnelle des bactéries productrices d’antibiotiques est plus élevée en milieu naturel que dans les pépinières. Au niveau des résultats, le point le plus intéressant est assurément l’isolement de souches productrices de DAPG et de pyrrolnitrine mais ne produisant pas de pyoluthéorine. En effet, le groupe de Pseudomonas produisant ces trois antibiotiques a été largement étudié et ils sont reconnus pour leur grande similarité génétique. Les souches que nous avons isolées sont donc les premières appartenant à ce groupe qui montrent une différence importante au niveau génomique. Ce résultat fera sans doute écho au sein de la communauté de chercheurs travaillant dans le domaine.

D’autre part, l’analyse phylogénétique des gènes phzC provenant des différentes souches isolées dans cette étude est un point important puisque ce genre d’analyse n’a pas été fait ailleurs et que cela nous a permis de voir une grande diversité fonctionnelle chez les producteurs de phénazines, avec trois groupes différents présents au même endroit.

Finalement, si nous nous reportons au point de départ de ce projet, soit la détection et l’isolement de souches pour le développement d’agents de biocontrôle adaptés aux pépinières de conifères, nous pouvons affirmer avoir atteint ces objectifs. En effet, nous avons isolé un bon nombre de souches de Pseudomonas producteurs d’antibiotiques et certains de ces isolats ont montré une forte capacité à inhiber la croissance du pathogène racinaire Cylindrocladium floridanum lors de tests de confrontation in vitro . Ces souches représentent donc de potentiels agents de biocontrôle et sont adaptées aux rhizosphères de conifères. De plus, la méthode développée faisant appel à la détection de gènes impliqués dans la production d’antibiotiques, s’est avérée très efficace, car elle nous a permis de détecter un grand nombre de souches productrices d’antibiotiques sans avoir besoin de tester toutes ces souches une à une pour détecter une activité inhibitrice. Cependant, il est important de réaliser que, malgré l’utilité des tests in vitro pour déterminer le potentiel inhibiteur d’une souche, cela ne réflète en rien la réalité de la rhizosphère. Par conséquent, la prochaine étape dans le développement d’agents de biocontrôle à partir de ces souches dois absolument passer par des tests in planta et des tests au champ.

© Mathieu Allaire, 2005