Dynamique chromatinienne dans la réparation de l'ADN. Analyse fonctionnelle du complexe histone acétyltransférase NuA4 dans la réparation des dommages à l'ADN

Jobin-Robitaille, Olivier
Maître ès sciences (M.Sc.)
Université Laval
FACULTÉ DE MÉDECINE
Maîtrise en biologie cellulaire et moléculaire

Directeur(trice) de recherche : Côté, Jacques

2005-09

Table des matières

Liste des illustrations

Figure 1: Les deux principaux mécanismes de réparation des bris mineurs de l’ADN.
Figure 2: Trois mécanismes de réparation des cassures double brin.
Figure 3: Les différents niveaux de condensation de l'ADN.
Figure 4: La structure du nucléosome.
Figure 5: Les différentes modifications connues des histones.
Figure 6: Les résidus lysines de H4 spécifiquement acétylé par NuA4.
Figure 7: Le rôle centrale de la sous-unité Eaf1 dans l’architecture du complexe NuA4.
Figure 8: Structure des quatre classes de facteurs de remodelage de la chromatine dépendant le l'ATP.
Figure 9: Les complexes SWR1 et INO80.
Figure 10: La sérine 139 du motif SQE en C-terminal de H2A.X est phosphorylée chez l’humain.
Figure 11: Système HO
Figure 12: Localisation du site de reconnaissance HO sur le chromosome III.
Figure 13: Résidus mutés à l’extrémité C-terminale de l’histone H2A.
Figure 14: Les deux possibilités pour introduire le gène codant l’endonucléase HO dans les levures ∆hmr/∆hml.
Figure 15: Étapes de construction de souches mutantes pour un résidu phosphorylable en région C-terminale de l’histone H2A.
Figure 16: La technique de ChIP (Chromatin IP).
Figure 17: Les quatre jeux d’oligonucléotides choisis et optimisés situés à différentes distances de la cassure double brin HO.
Figure 18: Traitement des données obtenues avec le PCR quantitatif.
Figure 19: Oligonucléotides pour doser la coupure HO en PCR quantitatif.
Figure 20: Dosage du % de coupure à la cassure avec pGAL-HO en milieu minimum par analyse Southern (A). La localisation de la sonde radioactive utilisée est décrite en plus bas en B.
Figure 21: Dosage du % de coupure à la cassure.
Figure 22: La sérine 129 de H2A est phosphorylée après 45 min à 1.5 Kb de la cassure double brin HO.
Figure 23: La sérine 129 de H2A est phosphorylée rapidement à la cassure.
Figure 24: Mécanisme de résection.
Figure 25: La baisse de Phos-S129 à la cassure n’est pas due à la résection.
Figure 26: L’anticorps anti-γ-Ser129 de H2A est spécifique.
Figure 27: NuA4 est recruté rapidement à moins de 2 Kb de la cassure.
Figure 28: Arp4, une sous-unité de NuA4 présente à la cassure, joue un rôle dans le recrutement du complexe.
Figure 29: La Lys8 de l’histone H4 est acétylée rapidement à moins de 2 Kb de la cassure transitoirement.
Figure 30: Les complexes contenant Rvb1 sont recrutés tardivement au site de cassure.
Figure 31: Un mutant esa1 ts cause un défaut dans le recrutement des complexes contenant Rvb1 à HO et à 1.5 Kb.
Figure 32: Un mutant arp4 ts cause un défaut dans le recrutement des complexes contenant Rvb1 à HO et à 1.5 Kb.
Figure 33: Swr1 n’est pas recruté à la cassure.
Figure 34: Un mutant ∆swr1 n’occasionne pas de retard important dans le recrutement des complexes contenant Rvb1 à HO et à 1.5 Kb.
Figure 35: La sérine 1 de H4 est phosphorylée tardivement à la cassure.
Figure 36: Alignement de séquences de la queue C-terminale de l’histone H2A.
Figure 37: Test de sensibilité aux agents endommageant l’ADN des mutants pour les résidus phosphorylables en C-terminal de l’histone H2A.
Figure 38: Sommaire d’apparition temporelle des modifications d’histones et activités chromatiniennes détectées par ChIPs à 1.5 Kb de la cassure double brin.
Figure 39: Modèle de la dynamique chromatinienne lors de la réparation de la cassure double brin de l’ADN.

Liste des tableaux


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