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Table des matières
Le virus de l’hépatite C (VHC) est un virus à ARN qui affecte plus de 170 millions de personnes à travers le monde, dont plus de 85% sont infectés de façon persistante. Le génome du VHC est susceptible au clivage par la ribonucléase Dicer in vitro, mais non in vivo, suggérant que ce virus ait développé un moyen pour échapper à la voie de l’interférence à l’ARN, un possible mécanisme de défense de l’hôte contre les virus chez l’humain.
Dans le but d’examiner la possibilité que certaines protéines du virus puissent interagir et/ou interférer avec l’activité de Dicer, nous avons sondé une librairie d’ADN complémentaire virale à l’aide d’une approche de double-hybride chez la levure, en utilisant Dicer comme appât. Nous avons observé une interaction entre Dicer et différents peptides dérivés des protéines non-structurales du VHC et identifié les portions de Dicer impliquées. Nous avons également tenté de confirmer ces interactions par des expériences de coimmunoprécipitation in vivo et in vitro.
Des expériences du double-hybride chez la levure ont permis d’identifier des interactions entre Dicer et des protéines non-structurales du VHC. Nous avons donc tenté d’effectuer la mise au point d’un système d’expression permettant la production de la protéine NS3 dans le but de caractériser l’interaction Dicter-NS3 in vitro. Cependant, l’élaboration de ce système s’est avéré plus complexe que prévu. Pour pallier à ce problème, nous avons eu recours à la transcription/traduction in vitro. Grâce au système de réplicon, un ARN subgénomique codant pour les protéines non-structurales du virus, transfecté dans des cellules Huh-7 (hépatocytes dérivées d’une tumeur hépatique humaine), nous avons pu étudier l’interaction protéique in vivo.
Ce travail a été effectué au laboratoire du Dr. Patrick Provost au sein de l’unité de Rhumatologie et Immunologie.
À l’occasion, je tiens à remercier tout d’abord le Dr. Pierre Borgeat de m’avoir accueillie dans son unité et le Dr. Paul Naccache d’avoir transféré mon dossier entre de très bonnes mains. Je remercie également la Dre Marie Audette, responsable facultaire des études de 2ième et 3ième cycles, et le Dr Sylvain Bourgoin, directeur du programme, pour leur disponibilité et leur patience.
Ce travail a été réalisé sous la direction de Patrick Provost. Merci Monsieur de m’avoir donné cette grande chance et confiance, de m’avoir supporté pendant plus de deux années, de ta disponibilité, de ton ouverture d’esprit, de ton respect...Au cours de ma formation, j’ai appris beaucoup de choses, et si je réussis mes éventuelles études, c’est grâce à toi. Tu as su comment me mettre sur la bonne voie. Je voudrais t’exprimer toute ma reconnaissance et gratitude. MERCI!
Au cours de ces années, j’ai eu la chance de côtoyer les membres de mon équipe dans une ambiance familiale et c’est grâce à eux que j’ai pu m’adapter et supporter l’éloignement de ma famille, surtout au cours de ma première année. Je tiens à remercier Isabelle Plante pour sa patience, ses conseils techniques et sa contribution dans les expériences du double-hybride; ton aide a été très précieuse. Dominique Ouellet, la plus serviable et disponible à m’aider, je te remercie pour tes conseils, ton aide et surtout pour ton soutien moral. Je remercie Philippe St-Martin et Pierre Plante pour leur aide et d’avoir partagé avec moi une ambiance sympathique au cours du dîner. J’ai également eu l’immense plaisir de connaître Vincent Boissonneault, Julie Laflamme, Geneviève Pépin, Marjorie Perron et l’adorable Lise-Andrée Gobeil.
Je n’oublie pas l’amitié de Sébastien Lévesque, Élise Lavoie et Michel Fausther. Je vous remercie de votre aide précieuse pour la préparation de mon premier séminaire et pour votre soutien moral. Sébastien, je te remercie pour ton aide dans la prélecture de ce mémoire.
Je remercie le Dr. Denis Leclerc pour nous avoir fourni la librairie d’ADNc dérivée du VHC.
Je tiens également à remercier mes professeurs pour leur disponibilité et pour m’avoir permis d’acquérir de nouvelles connaissances scientifiques, en particulier le Dr Sylvain Bourgoin et les Drs Jean Sévigny et Fawzi Aoudjit.
J’adresse un grand MERCI aux Drs Guy Boivin et Jean Sévigny d’avoir accepté d’évaluer ce modeste travail.
aa : Acide aminé
ADAR : « Adenosine deaminase that Acts on RNA »
ADN : Acide désoxyribonucléique
ADNc : ADN complémentaire
Ago : Argonaute
APS : Ammonium persulfate
ARN : Acide ribonucléique
ARNdb : ARN double-brin
ARNm : ARN messager
°C : Degré Celsius
DGCR8 : « DiGeorge syndrome critical region gene 8 »
DMEM : « Dulbecco’s Modified Eagle Medium »
D.O : Densité optique
dsRBD : « Double-stranded RNA binding domain » ou domaine liant l’ARN double-brin
DUF : « Domain of Unknown Function »
EDTA : Acide éthylènediaminetétraacétique
eIF 3 : « eukaryotic initiation factor 3 » ou facteur d’initiation de la traduction 3
FMRP : « Fragile X mental retardation protein »
iARN : Interférence à l’ARN
IB : Immunobuvardage
Ig : Immunoglobuline
INF : Interféron
IP : Immunoprécipitation
IRES : « Internal Ribosome Entry Site » ou Site interne d’entrée du ribosome
IRF-3 : « Interferon regulatory factor-3 » ou facteur de régulation de l’interféron 3
kb : Kilobases
kDa : Kilodalton
LiAc : Acétate de lithium
LMP7 : « Low Molecular Mass Protein 7 »
miARN : microARN
min : Minute
miRNP : « miRNA ribonucleoprotein particles »
NS : Non-structural
nt : Nucléotide
NT : Non-traduite
NTPase : nucléoside triphosphatase
PAZ : « Piwi/Argonaute/Zwille »
pb : Paire de base
PFV-1 : « Primate Foamy Virus type 1 »
PEG : Polyéthylène glycol
pré-miARN : microARN précurseur
pri-miARN : microARN primaire
RdRP : « RNA-dependent RNA polymerase » ou polymérase à ARN dépendante de l’ARN
RE : Réticulum endoplasmique
RISC : « RNA-induced silencing complex » ou complexe induisant le silence par l’ARN
RNase III : Ribonucléase de type III
RPM : Révolution par minute
SB : « Sample buffer »
SDS : « Sodium dodecyl sulfate »
siARN : « Small interfering RNA » ou petit ARN interférent
shARN : « Short hairpin RNA » ou petit ARN en structure d’épingle à cheveux
TBK1 : « TANK Binding Kinase 1 »
Temed : « N,N,N',N'-Tetramethylethylenediamine »
TLR 3 : « Toll Like Receptor 3 »
TRBP : « Transactivating response RNA-binding protein »
VHC : Virus de l’hépatite C
VIH-1 : Virus de l’immunodéficience humaine de type 1
YPAD : « Yeast extract/Peptone/Dextrose » contenant de l’adénine
© Cherifa Ayari, 2005
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| Étude de l'interaction entre la ribonucléase dicer et les protéines non-structurales du virus de l'hépatite C |  | Chapitre 1 Introduction |